邪教与正统宗教的关系错综复杂。一方面，几乎每一宗邪教都冒称宗教，给人感觉它们是正统宗教的分支或新兴宗教；另一方面，每一宗邪教都按照自己的需要对正统宗教进行若干改造，进而取为己用，而邪教的改造与诛求没有底线，宗教在它们那里被任意肢解。那么，邪教不但是实体国家和人民大众的侵害者，也是正统宗教的伤害者。中国“邪教”的发生与本土宗教的产生几乎同时，外来宗教进入中国，邪教也随之侵入。从这层关系上看，邪教很像宗教的寄生虫。
邪教习于发动对国家政权的战争，这方面以白莲教的表现最为典型。白莲教冒称佛教白莲宗，盗用道教主张的长生久视的人物形象，以流行的民间巫术欺瞒恐吓民众，组成“教军”并为其所用，教军声势浩大，为祸延续久远，自宋至清，屡仆屡起，一宗既灭，他宗继起，或者本教声名不佳，换一个名字死灰复燃，打而不死，死而不僵，僵而不腐。明清两代，白莲教的曾用名和分化出的“新教”可以开列很长的名单：红莲教、青莲教、黄莲教、真理教、天道教、大道教、天德圣教、白阳教、红阳教、弘阳教、龙华教、复命教、万全教、老母教、乾卦教、坎卦教，离卦教、震卦教、佛门教、大乘教、慈悲教、如意教、好话教、救世教、大刀会、小刀会、义和门、义和拳、孔孟道等等。明清两代的邪教作乱大多与白莲教系统的邪教有关。由依托佛教的邪教与依托道教的邪教合流，合流后的新品种八卦教在清代十分活跃，八卦的八种教派（其中坎、震、离三种较活跃）分分合合，发动震惊朝野的坎卦教林清夺宫之变，其后与巫术合流，演成震惊世界的“义和拳”庚子之变。
“庚子之乱”后，中国的巫术类邪教迅速沉寂，这既有八国联军对义和团的杀戮产生的震慑作用，也有底层民众的“觉悟”因素，他们亲见手持冷兵器的义和团“战士”纷纷倒在洋人的枪炮之下，终于知道吞符念咒没有任何效用。中国知识人更深深感到五千年文明的中国居然民智未开，需要重新“启蒙”，五四启蒙运动很大程度上是对巫术世界的果断切割，引导民众在科学的前提下，走向民主和时代文明。先贤李大钊、鲁迅、陈独秀、胡适对义和团的批判与反思，就是这个工作的一部分。
巫术类邪教沉寂，学术类的“邪教”获得更多的生存发展空间。所谓“学术类邪教”，指依附于宗教的异端邪说，并以此创立的邪教。因为这些邪教有清晰的渊源传承关系，在义理和教法上有研究价值。学术类邪教的产生，源于中国多神文化背景中国特色的泛神信仰。梳理这些神之间的关系颇费周章。多神信仰文化习惯于对诸神做出等级判断，民间称之为神的“本事”大小，这些神并没有实际归属，它们不属于哪个教派哪个族群，在中国神怪文化中属于“公器”，人们可以任意取用，主宰人们命运的神祇反倒成了真正意义上的“偶像”——纯粹用作工具的物品。域外文明包括宗教进入中国，中国文化以本土规范对他们进行改造，把那些原本截然对立的宗教融合为“新宗教”，所以中国的新宗教层出不穷，这些所谓“新宗教”实际是邪教对域外宗教的取用。取用时杂乱无章，教法教义混乱不清，但它的徒众对此并不介意，一则他们不知道这些所谓教义经书来自教主的盗用，二则他们认为本教招揽的神仙佛愈多，规格愈高，本教的威力愈强大。所以，所谓“学术类”邪教，仍然以原始巫术为根底，它的信仰者仍然集中在社会底层。“一贯道”就是学术类邪教的代表。
与白莲教一样，一贯道的别名很多，有先天大道、孔孟圣道、孔孟大道、中央大道、性理大道、明理道、中庸道、明一道、老母道、真天道、崇华堂、中华道德慈善会等。1887年王觉一正式创建一贯道，他用圆熟的文言写作教义书《三教圆通》，在民间宗教只能用“三三四”句式写作粗陋教义的时代，一贯道的学术水平令人惊诧。一贯道经过刘清虚、路中一等改造完善，至1930年代第十八代祖师张光璧掌教权，势力达到全盛，组织遍及全国。张光璧死后，一贯道分裂为“师母派”和“师兄派”等四个集团，孙素贞的师母派势力最大。共和国建立，孙素贞等流窜到台湾岛，继续作乱，台湾当局几次清剿邪教一贯道，禁绝的理由与大陆无甚差异：妖言惑众，作奸犯科，操纵教徒，邪行诡异。1987年，台湾“立法院”准许一贯道登记，成为合法“宗教”。岛内一贯道凭借所谓“合法”身份，努力向大陆渗透，在大陆知识分子和青年学生中发展信众，并不掩饰自己的政治野心。一贯道的产生标志中国邪教发生大转折，此后的邪教都以“学术”为门面，标榜自己的“科学”色彩，它们的教义也与时俱进，摒弃唱词形式的“宝卷”，转而刻意模仿大部头的宗教经书。
20世纪上半页中国大陆还有“在理教”和“同善会”，与一贯道并称为民国三大邪教。
依附于道教的邪教一直是中国邪教的主流，它比依附于佛教的邪教活动范围更为广大。佛教外道一般都以大灾难即将来临恐吓民众，诱导他们加入本教以“躲避灾难”。基督教的外道以“末世审判”为借口，恐吓诱导民众，它们把正统基督教已经弱化的“末日审判说”重新张扬，强化恐惧。这类异端邪说很容易被甄别，它们与正统宗教的差异很明显，否定这类邪教的歪理邪说也相对容易。但依附于道教的邪教，终极目标却与道教一致：得道成仙。成仙的渠道也与道教相似，或者外丹，或者内丹。如何区别一宗依附于道教的教派是否邪教，不能仅凭借它们的教义，而要根据它们的动向，尤其它们的政治动向。中国的这类异端类教派，一般在创教初期时就确定了深远的政治目标，并在以后的行教过程中持续强化这种追求。
除了历史和“宗教”文化的因素，地域文化在中国邪教发育中也有相当重大的影响。中国疆域辽阔，南北东西，文化差异巨大，鲁迅《汉文学史纲要》为中原地区划分为四个文化类型：儒、道、法、神。这与传统的“儒墨道法”四家有异。从中国历史进程来看，鲁迅的地域文化理论更切合实际，因为墨家先秦时期就已衰落，神仙家则持续繁荣兴旺，至于当下。
察周季之思潮，略有四派。一邹鲁派，皆诵法先王，标榜仁义，以备世之急，儒有孔孟，墨有墨翟。二陈宋派，老子生于苦县，本陈地也，言清净之治，迨庄周生于宋，则且以“天下为沉浊不可与庄语”，自无为而入于虚无。三曰郑卫派，郑有邓析申不害，卫有公孙鞅，赵有慎到公孙龙，韩有韩非，皆言名法。四曰燕齐派，则多作空疏迂怪之谈，齐之驺衍，驺奭，田骈，接子等，皆其卓者，亦秦汉方士所从出也。[ 鲁迅：《汉文学史纲要》，《鲁迅全集》第10卷，人民出版社，1973年版，第538～539页。]
鲁迅说的“燕齐”即今环渤海地区，这一代神怪巫术繁盛，春秋战国时期涌现神仙家，秦汉两代，燕齐方士术士络绎于途，用“不死药”迷惑秦始皇帝和汉武帝。汉末黄巾巫术发动大造反，瓦解了汉帝国，清代八卦教谋夺皇宫，清末更发动震惊世界的义和团事件，民国时发生笼罩全国的一贯道。燕齐神怪文化还随着这里民众的“闯关东”，深入白山黑水，东北平原。
国家民政部等公布“中功”等14种有害气功，认为这些气功会导致人的精神出现异常，取消它们的注册资格，等于宣告它们非法。这些气功行为邪僻，属于“类邪教”。通行判定邪教的重要标准，是这些组织和教主有反社会反人类等极端行为，曾经制造或正在制造较有影响的事件。这种从刑事犯罪角度出发的邪教判定原则，不一定符合学者们在学理上对邪教的分析判断。从法律层面看“有害气功”，它们宣扬的法术道术包括组织行为方式都很“邪”，但它们不成为“教”；但从学理上看，它们名义上称作“功”，而从它们的功法、传播手段和追求目标分析，从它们行为方式考查，从它们多年教授传功造成的社会动荡、心理混乱的现实判定，它们不但是“教”，而且是“邪教”，不管它们如何自称，或“功”或“门”。他们利用欺骗和隐瞒手段招致群众，诱导他们抛弃社会主流价值观，身心都成为“教主”和这个团体的奴隶。依照西方价值观，这些被欺骗入教的大都是成年人，有完全民事能力，其他人和组织包括国家权力机关，不必对此负责，如果主动介入，企图“挽救”“转化”这些痴迷者，涉嫌对人权的侵害。这方面，西方法律使自己陷入悖论：以“宗教”名义进行的诈骗与商业形式的诈骗同罪不同罚。这种矛盾现象与西方盛行的形式主义有关，他们对宣称的宗教与实质的宗教，不作分别，即国家管理部门只负责登记，不负责甄别。结果，一些亚洲国家的刑事犯罪人宣称自己在本国受到宗教迫害，西方国家比如美国就以保护宗教自由为名，积极为他们提供庇护，如韩国统一教主文鲜明，中国的法轮功教首李洪志，全能神教主赵维山，全范围教会教主徐永泽等。
1970年代末，以道家内丹修炼为核心的“气功”风行中国大陆，被气功之“气”席卷的人口占全国人口达到惊人的比例。依照各气功宗派宣称的本功派人数合算，参与各种气功“修炼”的人员总数已经超过当时中国总人口数。气功师一向好作大言，对他们所谓“统计数字”不必较真，比如法轮功信众有200万，李洪志却声称全国有一亿法轮功练习者。但他们敢于如此夸大，说明当时修炼气功的人数的确数字惊人，法轮功的信众毕竟多达二百万。台湾报界冷静观察大陆气功潮，说大陆“两亿人痴迷如狂，五千万信徒笃信不疑，神州大地，掀起效忠气功的热潮”。[ 杨科：《二十年科学与伪科学的较量》，载何祚庥主编《伪科学三曝光》，天津古籍出版社，2003年版，第369页。]各种气功杂志如雨后春笋般涌现，如《气功》《气功与科学》《中华气功》《中国气功》《东方气功》《气功与体育》等数十家，内丹习练者发生大规模“井喷”。与此同时，以民间巫术和舞台魔术为背景的“特异功能”在一些人的怂恿下，从街头把戏登上科学殿堂，以“侮辱全国人民智商”的形式叫战科学，“气功”和“特异功能”，成为20世纪最后十五年绝对民间主流话语，并且迅速获得官方话语权，中央电视台等主流媒体频繁邀请气功师作耸人听闻的气功和特异功能表演，等于在为它们做背书。
庞大的气功修炼人群和几乎无限的财富累积，滋育了“气功师”们的政治野心，他们中的一些人试图以气功为理论基础，创立新宗教，进而以宗教的方式谋取政治利益，这是中国式“宗教战争”的旧模式。中国历史上不存在纯粹意义上的宗教战争，凡以宗教名义发动的战争，全部隐藏着政治目的，宗教首领企图借助“宗教”教徒的势力，摧毁现政权，建立自己的“皇权”。这里的“宗教”其实是邪教，被邪教利用的痴迷徒众，历史上称为“邪教徒”，但当前一般称之为“信众”“练习者”或“痴迷者”。
依附道教内丹派的气功活跃的同时，依附佛教的“外道”也不甘寂寞。历史上中国的邪教以附佛外道居多。“附佛外道”，是正统佛教的对它们的称谓，政府和民间直接称它们为邪教。历史上这类邪教有五个共同特征：（1）邪教主自称佛、菩萨降世，现出种种异象或神迹，利用民众崇佛心理聚拢徒众。（2）邪教主大多为文化程度、社会地位低的“在家人”，间或有不守佛戒、不通佛法的伪僧尼。（3）打着佛教或佛教新派的旗号，教名也取自佛教佛经“观音”“弥勒”“圆顿”等。（4）篡改、曲解佛经，或者推出自己编造的伪经，经文鄙俚粗浅，拒绝正见。（5）这类邪教教主更热衷于颠覆所在国家政权，带领受迷惑的信徒造反作乱，小有成就就登基坐殿，称帝称王。
20世纪的中国邪教除了上述传统的道教系统外道、佛教系统外道，与当代国际化、地球村形势呼应，基督教外道的也逐渐活跃于大陆与港澳台。
基督教在中国的传播历经波折，由早期（明中叶）的自由传教，到清初的朝野大论争，其后基督教传播时断时续，清朝廷对基督教的态度几经转换，抵触、恐慌、厌弃是主流态度。基督教的两个支派“天主教”和“基督教”，习惯称旧教和新教，前者在中国信众更多些。1949年以后，中央政府决定中国基督教会脱离梵蒂冈教廷，实行自治、自养、自传，独立封圣，中国基督教的历史进入新阶段。但“三自”无法杜绝附基督教邪教的产生和境外邪教的渗透。
中国官方对这类异端与邪教的处分，与西方对宗教极端和膜拜团体的处分有很大差异。同一类宗教异端，中国官民一致认定为邪教，西方可能只用“异端”或“极端宗教”指称它们，或称之为“新兴宗教”，总体上倾向于使用中性称名。这种分歧缘于西方文化对“中国特色”邪教认知的模糊，也有西方政治文化深厚的形式主义因素。中国不存在西方意义上的宗教，在中国，宗教、类宗教、宗教异端等被当作工具的时候居多，那么邪教就更是工具中的工具：被教主利用为谋取政治权力的工具。西方社会对中国历代官府惩治邪教有不同意见，有时这种意见还很激烈，批评中国官方干预民众的宗教信仰自由。美国的“人民圣殿教”吉姆·琼斯具有强烈的反社会人格，但他没有利用信徒发动针对美国政府的武装暴动，谋求在美国建立自己的“天堂”，而带领一千多名信徒远遁法属圭亚那，在那里组建一个自给自足的“琼斯镇”。直到引诱、胁迫全体信徒集体自杀，人民圣殿教才被西方社会认定为“邪教”。如果吉姆·琼斯是中国人，他会在中国建立一个邪教组织“三皇姑教”，然后发动邪教武装暴动，“皇姑屯”的设计目标绝对不止于圭亚那密林中的一个小小营地“琼斯敦”，而是中国全境甚至更广大，直接威胁政府和人民的生存安全。中国文化对邪教问题预判的积极意义在于，这项预判的准确率很高。在中国政治文化背景下发育的邪教，具有强烈的政治企图，谋求建立自己的政权，为此，它们十分热衷于向国家权力挑战，继而发动旨在推翻国家政权的武装暴动。“911”以后，西方国家对宗教恐怖活动采取先发制人的打击手段，至少部分印证在反邪教问题上中国思维的普世和有效。
编辑：Jackingsoul
终审：曙光